Os primeiros nove meses de Simonton no Brasil foram dedicados ao aprendizado da língua e a pregações a compatriotas e ingleses no porto e em residências. Em 22 de abril de 1860, Simonton finalmente conseguiu dirigir o seu primeiro trabalho em português, uma escola dominical. Três meses mais tarde, chegaram valiosos reforços na pessoa do Rev. Alexander L. Blackford e sua esposa Elizabeth, irmã de Simonton.
No início de 1861, Simonton fez uma longa viagem de reconhecimento pelo interior, passando por São Paulo, Sorocaba, Itapetininga, Itu e Campinas.
Fez várias pregações, visitou ingleses e alemães, hospedou-se com liberais e conversou com sacerdotes. Ao descrever essa viagem, Simonton deixou um curioso testemunho sobre o choque cultural que experimentava. Na região de Itapetininga, ele passou algum tempo em uma fazenda cuja hospitalidade muito apreciou. Todavia, não pode deixar de notar a casa desmazelada e suja, sem assoalhos, com falta de janelas e portas, e os porcos, galinhas, cachorros, vacas, cavalos e mulas que entravam livremente. Diz ele:
Nunca vi família tão excelente, com suficientes recursos, viver tão mal. Escravos por toda a parte, uns atrapalhando os outros; tábuas abandonadas na serraria a 100 metros de distância; não consigo entender tanto descaso e negligência. Dia após dia eu observava e me maravilhava do processo como se dirigia a empresa toda. Ao ver João Carlos [Nogueira], um dos brasileiros de coração mais bem formado, em outros aspectos um homem de bom senso, viver daquele modo, minha confiança no Brasil e nos brasileiros diminuiu.
Simonton pôde realizar o primeiro culto regular no Rio de Janeiro em 19 de maio de 1861; nessa oportunidade constituiu diácono um dos dois assistentes. O melhor domínio da língua permitiu que Simonton tivesse mais êxito em atrair interessados e ele manifestou a satisfação de finalmente poder anunciar a sua mensagem aos brasileiros (e portugueses) e ver os primeiros frutos.
Finalmente, a 12 de janeiro de 1862 concretizou-se a primeira grande realização de Simonton, que foi a fundação da Igreja Presbiteriana do Rio de Janeiro. Naquele dia, estando presente um novo missionário recém-chegado, Francis J. C. Schneider, Simonton admitiu formalmente à igreja os seus dois primeiros membros, curiosamente ambos estrangeiros – um americano (Henry E. Milford), agente da Companhia Singer de máquinas de costura, e um português (Cardoso Camilo de Jesus). Simonton registrou o fato em seu Diário:
Domingo, dia 12 [de janeiro de 1862], celebramos a Ceia do Senhor, recebendo por profissão de fé Henry E. Milford e Cardoso Camilo de Jesus. Organizamo-nos assim em Igreja de Jesus Cristo no Brasil. Foi um momento de alegria e satisfação. Multo mais cedo que esperava minha pouca fé, Deus nos permitiu os primeiros frutos da missão. Senti-me até certo ponto agradecido, mas não como devia. A comunhão foi dirigida por Mr. [Francis Joseph Christopher] Schneider e por mim, em inglês e português. O Sr. Cardoso, a seu pedido e de acordo com o que consideramos melhor, depois de muito estudo e certa hesitação, foi batizado. Prestou um exame que satisfez completamente a Mr. Schneider e a mim, sem deixar dúvida em nossas mentes com respeito à realidade de sua conversão. Graças sejam dadas a Deus pela confirmação de nossa fraca fé, por vermos que não pregamos em vão o Evangelho.
Os principais colaboradores de Simonton nesse período foram seu cunhado Alexander L. Blackford, que em 1865 organizou as Igrejas de São Paulo e Brotas; Francis J. C. Schneider, que trabalhou entre os imigrantes alemães em Rio Claro, lecionou no seminário do Rio e foi missionário na Bahia; e George W. Chamberlain, grande evangelista e operoso pastor da Igreja de São Paulo. Os quatro únicos estudantes do “seminário primitivo” foram eficientes pastores: Antonio Bandeira Trajano, Miguel Gonçalves Torres, Modesto Perestrelo Barros de Carvalhosa e Antonio Pedro de Cerqueira Leite.
Outras poucas igrejas organizadas no primeiro decênio foram as de Lorena, Borda da Mata (Pouso Alegre) e Sorocaba. O homem que mais contribuiu para a criação dessas e outras igrejas foi o notável Rev. José Manoel da Conceição (1822-1873). Conceição visitou incansavelmente dezenas de vilas e cidades no interior de São Paulo, Vale do Paraíba e sul de Minas, pregando o evangelho da graça.
De fato, Simonton e seus colegas conseguiram uma lista impressionante de realizações durante os oito anos de seu trabalho no Brasil:
A fundação de uma igreja no Rio de Janeiro (12/01/1862);
a fundação do primeiro jornal evangélico no Brasil, a Imprensa Evangélica (05/11/1864);
a organização do primeiro presbitério, o do Rio de Janeiro (16/12/1865);
e ainda a fundação do primeiro seminário teológico, no Rio de Janeiro (14/05/1867).
Em julho de 1867, na reunião do Presbitério do Rio, Simonton propôs a seguinte estratégia missionária para a igreja presbiteriana brasileira:
1. A santidade da igreja deve ser ciosamente mantida no testemunho de cada crente.
2. É preciso inundar o Brasil de Bíblias, livros e folhetos.
3. Cada crente deve comunicar o evangelho a outra pessoa.
4. É necessário formar um ministério nacional idôneo.
5. Escolas paroquiais para os filhos dos crentes devem ser estabelecidas.